NEW SYSTEM RULE&OPERATION NETWORK MODE VS MODE
 

PS2版目玉の一つがこのミッションモードだ。このモードは、プレーヤーがエゥーゴ、ティターンズのどちらかの軍に属し、作戦を遂行していくモードで「Zガンダム」でのおなじみの任務を追体験することができる。ミッションモードでは、任務をクリアすることでMSや武装を入手することができる。ここでしか使用できないMSも登場する!?
 
ミッションモードは数々の作戦が待ちかまえる。
ある作戦ではカミーユ・ビダン達がグリーンノア1で極秘裏に開発されていた、ガンダムMk-IIを奪取の護衛任務に就くことになる。リック・ディアスで潜入したクワトロ・バジーナを支援したり、カミーユ・ビダンがガンダムMk-IIを強奪するシーンなどに立ち会うことができる。
 
大気圏突入ミッション。多数のバリュートが地球へ降下していくシーンは圧巻!   輸送機撃破ミッション。アウドムラを追撃するスードリの攻撃を足止めせよ!
 
敵大型兵器のデータ収集ミッション。ホンコンシティに突如現れたサイコガンダムのデータを収集するのが任務だ。パイロットはフォウなのか!?   ティターンズの毒ガス部隊護衛のミッション。ティターンズの非情さがうかがい知れる任務だ。
 
   
クワトロが乗る百式でパワーアップパーツとして登場したメガバズーカランチャーも登場!!
宇宙空間でしか使用できないものの、その破壊力は想像を絶する!! 攻撃手段はメイン射撃のみとなるが、「巡航モード」となっての移動が可能だ!
 
スーパーガンダムはガンダムMk-IIとGディフェンサーが合体することにより機動力と攻撃力をアップさせたMSだ。
一体どれほどのポテンシャルを秘めているのだろうか!?また、スーパーガンダムはGフライヤー形態となり高速移動が可能となる。スーパーガンダムはアーケードモードや対戦モードでも使用できる!!