前作同様に「機動戦士Ζガンダム」も２対２のチームに分かれ、モビルスーツを操作して相手チームと戦闘をします。 まず、エゥーゴ・ティターンズのどちらに所属するかを選択します。　そして、それぞれの勢力で搭乗できるモビルスーツを選択、武装を決定したら、いよいよバトルフィールドでの戦闘開始です。他のプレイヤーと同じチームで参加すれば協力、違うチームで参加すれば対戦となります。 バトルでは敵を撃破すると、敵チームの戦力ゲージが減少します。先に戦力ゲージがゼロになったチームは「作戦失敗」、つまり負けとなります。戦力ゲージがゼロになるまでは、何度撃破されても復活できます。 ただし、各機体ごとにコストが設定されており、コストの高い機体が破壊されると、自軍の戦力ゲージが大きく減ってしまいます。高性能な機体ほどにコストが高く設定されているため、チーム内の機体性能とコストのバランスを考慮する必要があります。 「射撃ボタン」で照準のついた敵を狙い撃ちます。 弾数は武装の種類によって回復の仕方が違います。リロード動作を行うことで のみ弾数を回復させることができる機体もあります。 「射撃ボタン＋格闘ボタン」を同時に押すとサブ武装による攻撃を行ないます。機体や武装によって、その性質は大きく異なります。 「格闘ボタン」でサーベルを抜いて斬りかかります。 サーベルを装備していない機体は格闘を行います。 格闘がヒットした時に格闘ボタンを連続で押すと連続攻撃を出すことが可能です。 「ジャンプボタン」を押すと、レバーを入れた方向にジャンプします。 ボタンを押しつづけることで、ブーストゲージの続く限り飛行することが可能。 また、空中でレバーを同じ方向にすばやく２回入力することで空中ダッシュ。より速くより遠くへ飛ぶことができます。 レバーを同方向に素早く２回入力で、ステップ動作を行います。 通常よりも素早い移動ができるため、敵機の攻撃を回避するのに適しています。また、ステップ中も全ての攻撃が可能です。 「サーチ／ターゲット切り替えボタン」を押すと、別の敵にロックを切り替えます。また、敵を見失った時には、一番近くの敵を視界に入れてロックオン可能です。 機体によっては、「サーチ／ターゲット切り替えボタン」を押しっぱなしで遠距離砲撃モードに移行、通常の射撃で届かない距離の敵を攻撃できます。 １人プレイ時には「指令／通信ボタン」を押すことで、味方のＣＰＵに「攻撃重視」「格闘重視」など指令を与えることができます。 通信対戦モード時では、「指令／通信ボタン」で自分の機体の状況を味方に伝えることができます。味方とのコミュニケーションが戦局を左右することになります。 コンビネーションゲージがたまっていれば、「ハイパーコンビネーション（後述）」を発動することができます。 モビルアーマーに変形が可能なモビルスーツは、空中で「ジャンプボタン」を押しながらレバーを同じ方向にすばやく２回入力で、モビルアーマー形態へ変形することができます。 モビルアーマー形態への変形中は移動速度が速くなりますが、常にブーストゲージを消費します。（ブーストゲージが無くなった場合はモビルスーツに戻ります） 『コンビネーションゲージ』がＭＡＸになった時に、「指令／通信ボタン」を押すことでハイパーコンビネーションを発動できます。 （２人協力プレイ時は、「指令／通信ボタン」で味方に発動を呼びかけ、呼びかけられた側が「指令／通信ボタン」を押せば発動します。） ハイパーコンビネーション発動中は一定時間の間、自機とパートナー機の性能が大きくパワーアップし、戦闘をより有利に進行することができます。