エヴァンゲリオン2において、戦闘はアクションとも、シミュレーションともつかないものである。 プレイヤーは突如侵攻してくる使徒と、ある時はパイロットとして、 ある時は命令を下すものとして、戦いを演じることになる。 アニメがそうであるように、本作でも、基本的には回避という概念がない。 相手の攻撃はすべて受け止め、そのうえで勝つ。 もっとも敵に損害与えるのは白兵。つまり接近戦である。 これらはATフィールド、そしてヘイフリックなど、アニメでお馴染みの ワードたちによって完全に再現され、プレイヤーの手にゆだねられる。 しかし、戦闘はなにも、プレイヤーがやるだけのものではない。 プレイヤーが入院している時、あるいは戦闘に関係していない時、 戦闘はNPC達によって解決され、ただ見ているだけのはがゆさを プレイヤー達に与えてくれる。